Παρ’ όλο που την εποχή εκείνη η δημιουργία της νέας αυτής Μεγάλης Στοάς ήταν μια αναγκαιότητα, εν τούτοις ουδείς φανταζόταν το μέγεθος αυτής της δικαίωσης. Παράλληλα, πρέπει να σημειωθεί, πως οι προθέσεις των πρωτοπόρων – ιδρυτών της εποχής εκείνης διόλου δεν στόχευαν στην δημιουργία μιας νέας Μεγάλης Στοάς. Αντιθέτως εκείνοι οι Αδελφοί μας επίστευαν στην ελεύθερη άσκηση της Ελευθεροτεκτονικής, όπως άλλωστε συμβαίνει και σε όλες τις χώρες του κόσμου. Κάτι τέτοιο όμως δεν συνέβαινε στην Ελλάδα της εποχής εκείνης και υπό την αιγίδα της Μεγάλης Στοάς της Ελλάδος. Έτσι, η δημιουργία ενός νέου Σώματος ήταν αναγκαία. 
Ας περιγράψουμε όμως σε γενικές γραμμές τα γεγονότα, ώστε να κατανοήσουμε καλύτερα τα δρώμενα της εποχής εκείνης, αλλά και την αναγκαιότητα στην οποία ήδη αναφερθήκαμε. 

Η απαρχή της σημερινής μορφής του Ελευθεροτεκτονισμού στην Ελλάδα είναι το 1940. Μέχρι τότε ο φορέας ήταν ένα τεκτονικό σώμα με την επωνυμία “Γαληνοτάτη Μεγάλη Ανατολή της Ελλάδος”, η οποία ελεγχόταν από το “Ύπατον Συμβούλιον του 33ο” (που εκπροσωπούσε τον Σκωτικό Τύπο (Scottish Rite)), αλλά σχετιζόταν μόνον όσον αφορά τους τρεις πρώτους βαθμούς. Το 1940 το Ύπατον Συμβούλιον θεωρητικώς απέσυρε τον έλεγχο στους τρεις πρώτους βαθμούς, οι οποίοι και έλαβαν την επωνυμία “Μεγάλη Στοά της Ελλάδος”. Η Μεγάλη Στοά της Ελλάδος, ως η μόνη υπάρχουσα μορφή του Συμβολικού Τεκτονισμού, έλαβε την αναγνώριση από την Ηνωμένη Μεγάλη Στοά της Αγγλίας το 1948 υπό ιδιαίτερους όμως όρους. Οι όροι αυτοί αφορούσαν στην από μέρους της Μεγάλης Στοάς υποχρέωση να λάβει όλα αυτά τα μέτρα τα οποία θα την απεμάκρυναν βαθμιαίως από τις πρακτικές της Μεγάλης Ανατολής (της Γαλλίας) και την αυστηρή υιοθέτηση των Αρχαίων Οροθεσίων του Τάγματος. 
Η εφαρμογή τους όμως ήταν ανύπαρκτη, αφού το νέο σώμα εξακολουθούσε να εργάζεται κατά τον ίδιο τρόπο. Παρά την δημιουργία της αγγλόφωνης Στοάς “ΠΑΡΘΕΝΩΝ, υπ’ αρ. 112” το 1952, η οποία ιδρύθηκε και εργαζόταν αυστηρώς σε συμφωνία προς τα Αρχαία Οροθέσια, ουδεμία ουσιαστική μεταβολή επήλθε. Αντιθέτως, και κατ’ επανάληψη, στις αρχές της δεκαετίας του 1970 η ηγεσία της Μεγάλης Στοάς έδειξε τη μη διάθεσή της για συμμόρφωση στις ορθές πρακτικές. 

Τον Μάρτιο 1976, ορισμένοι ενθουσιώδεις και ζηλωτές Αδελφοί, η πλειονότητα των οποίων προσπαθούσε σκληρά να φέρει τον Ελληνικό Ελευθεροτεκτονισμό σε πλήρη συμφωνία με τα Αρχαία Οροθέσια, εμυήθησαν στους πέραν του Συμβολικού Τεκτονισμού βαθμούς του Τύπου της Υόρκης (York Rite), από Μεγάλους Αξιωματικούς του Τάγματος της Υόρκης, οι οποίοι είχαν επικεφαλής τον τότε Μέγα Προκαθήμενο του Υπάτου Μεγάλου Περιστυλίου της Γερμανίας Εξχτ. Ετ. Ευμένη Καλούδη. Το όραμα της δημιουργίας στην Ελλάδα ενός Κανονικού Τεκτονικού Συστήματος, με παγκόσμια απήχηση και λειτουργία πέραν του Συμβολικού Τεκτονισμού που είχε συλληφθεί από τον Εξχτ. Ετ. Ευμένη Καλούδη και από τον Ετ. Πανταλέοντα Φραγκεδάκη έπαιρνε σάρκα και οστά. Τα σώματα των Βαθμών (Περιστύλια της Βασιλικής Αψίδος, Συμβούλια και Διοικητήρια) εσχημάτισαν το “Μέγα Περιστύλιον της Ελλάδος”, το οποίο πολύ σύντομα απέκτησε παγκόσμια αναγνώριση. Η προσπάθεια αυτή επεκτάθηκε και ταχύτατα πολλοί Αδελφοί συμμετείχαν στο νέο αυτό σώμα. Η βασική αιτία ήταν ότι πάρα πολλοί Αδελφοί επιθυμούσαν να ασκήσουν το δικαίωμα της προόδου και της συμπλήρωσης της τεκτονικής τους γνώσεως και εμπειρίας, ιδιαιτέρως ως μέλη της Βασιλικής Αψίδος. Ασφαλώς κάτι τέτοιo ήταν αδύνατο να πραγματοποιηθεί στην Μεγάλη Στοά της Ελλάδος, αφού ο Γενικός Κανονισμός της δεν προέβλεπε την ύπαρξη της Βασιλικής Αψίδος και επηρεαζόταν ή/και ελεγχόταν από το Ύπατον Συμβούλιον του 33ο -όπως και πριν περιγράφηκε-, το οποίο, στην χώρα μας, θεωρεί πως ο Βαθμός της Βασιλικής Αψίδος του ανήκει σαν ο 13ος βαθμός του Σκωτικού Τύπου. 
Λίγο καιρό αργότερα, η ηγεσία του νέου αυτού Τεκτονικού Σώματος έκανε πολλές προσπάθειες ώστε να συσφιγχθούν οι σχέσεις των τριών τεκτονικών σωμάτων στην Ελλάδα, που ήταν: η ΜΕΓΑΛΗ ΣΤΟΑ ΤΗΣ ΕΛΛΑΔΟΣ, το ΥΠΑΤΟΝ ΣΥΜΒΟΥΛΙΟΝ ΤΟΥ 33ο και το ΜΕΓΑ ΠΕΡΙΣΤΥΛΙΟΝ ΤΗΣ ΕΛΛΑΔΟΣ, στη βάση κοινού και αμοιβαίου σεβασμού και συνεργασίας. Πραγματικά, τον Οκτώβριο του 1978 υπεγράφη μια επιστολή προθέσεως από τα αρμόδια όργανα και το αποτέλεσμα θεωρήθηκε ιδιαίτερα ελπιδοφόρο. Ακόμα όμως δεν υπήρχε σκέψη για δημιουργία Νέας Μεγάλης Στοάς. Οι αισιόδοξοι μάλιστα επίστευαν ότι ο υποδειγματικός τρόπος λειτουργίας του Μεγάλου Περιστυλίου θα έπειθε την Μεγάλη Στοά, ώστε να αλλάξει τον δικό της τρόπο λειτουργίας. 

Όμως η συνέχεια δεν ήταν ανάλογη, ειδικώς μετά το 1981, οπότε νέος Μεγάλος Διδάσκαλος εξελέγη στην Μεγάλη Στοά της Ελλάδος. Ασκήθηκε μεγάλη πίεση σε Αδελφούς οι οποίοι συμμετείχαν στο Ύπατο Μέγα Περιστύλιο, ένα Τεκτονικό Σώμα κανονικώς εγκαθιδρυμένο και το σημαντικότερο πέραν του Συμβολικού Τεκτονισμού, με αποκορύφωμα την κυκλοφορία, τον Απρίλιο του 1985, από την Μεγάλη Στοά της Ελλάδος της περίφημης Εγκυκλίου υπ’ αρ. 07/85, με την οποία απειλούνταν με διαγραφή όσοι Αδελφοί θα εξακολουθούσαν να μετέχουν σε συνεδρίες του Υπάτου Μεγάλου Περιστυλίου. 
Η Εγκύκλιος αυτή, αλλά και μια σειρά άλλων ενεργειών αντιτιθεμένων σε κάθε τεκτονική πρακτική, σε κάθε τεκτονική δεοντολογία, αλλά και ακόμα σε αυτή την βασική φιλοσοφία του Ελευθεροτεκτονισμού περί ελευθερίας της γνώμης και των απόψεων ενός εκάστου Ελευθεροτέκτονος, εδημιούργησαν μια πολύ άσχημη και θλιβερή κατάσταση. Αποτέλεσμα ήταν η μη επαρκώς δικαιολογημένη απομάκρυνση πολλών Αδελφών από την Μεγάλη Στοά της Ελλάδος. 

Φυσικά, πολλές και έντονες αντιδράσεις υπήρξαν στο εσωτερικό της Μεγάλης Στοάς με κατηγορίες κατά του Μεγάλου της Διδασκάλου για τις πρακτικές που προαναφέρθηκαν. Ο τρόπος με τον οποίο αποσείσθηκαν οι κατηγορίες, πυροδότησε έντονα αισθήματα απογοήτευσης και παραιτήσεις πολλών μελών της. Ασφαλώς κάθε προσπάθεια βελτίωσης της κατάστασης ήταν εκ προοιμίου αποτυχημένη, αφού η υπόθεση της συμμόρφωσης με τα Αρχαία Οροθέσια είχε πλέον υποχωρήσει, και το μείζον ζητούμενο ήταν άλλο: η εφαρμογή των συνήθων αδελφικών και δημοκρατικών διαδικασιών. 

Έτσι αναπόφευκτα προέκυψε η ιδέα δημιουργίας μιας Νέας Μεγάλης Στοάς. 
Τον Μάιο του 1986, έξι Ελληνικές Στοές απεφάσισαν κατά πλειοψηφία και υπέγραψαν μια Διακήρυξη με την οποία αποκήρυσσαν την Μεγάλη Στοά της Ελλάδος για λόγους που απαριθμούνταν και η οποία αποτελούσε μια γενική περίληψη των προηγουμένων. Αμέσως κατόπιν εξέλεξαν αντιπροσώπους και σχημάτισαν την Εθνική Μεγάλη Στοά της Ελλάδος. Οι Στοές αυτές αναφέρονται στη συνέχεια με τον αριθμό των μελών τους που υπέγραψαν την Διακήρυξη τασσόμενα υπέρ της αποχώρησης και ήταν ενεργά: 

ΠΑΛΑΙΩΝ ΠΑΤΡΩΝ ΓΕΡΜΑΝΟΣ, υπ’ αρ. 1, των Πατρών, 37 από τα 42 μέλη, 
ΑΚΡΟΠΟΛΙΣ, υπ’ αρ. 2, των Αθηνών, 48 από τα 50 μέλη, 
ΠΑΡΘΕΝΩΝ υπ’ αρ. 3, του Πειραιώς, 45 από τα 49 μέλη, 
ΜΙΑΟΥΛΗΣ υπ’ αρ. 4, του Πειραιώς, 55 από τα 80 μέλη, 
ΠΙΣΤΙΣ υπ’ αρ. 5, του Πειραιώς, 25 από τα 45 μέλη, και
ΟΜΟΝΟΙΑ υπ’ αρ. 6, της Χίου, 12 από τα 12 μέλη. 

Σχεδόν αμέσως απεσχίσθη και συμμετέσχε και η Στ. “ΙΩΝΙΑ, υπ’ αρ. 7», των Αθηνών, η οποία ήταν και η πρώτη που από το 1985 είχε αντιδράσει στην Εγκύκλιο 07/85. 
Οι Στοές αυτές, την 7η Ιουνίου 1986 ίδρυσαν την Εθνική Μεγάλη Στοά της Ελλάδος. Εγκαθιδρύων Αξιωματικός ήταν ο αείμνηστος Πσεβ. Αδ. William R. J. Eve, Πρώην ΑνΜΔ, μέλος της Στοάς “Molesey Lodge, No. 2473” της Ηνωμένης Μεγάλης Στοάς της Αγγλίας και παλαίμαχος αγωνιστής της Εθνικής Αντίστασης. 
Η ηγεσία της Μεγάλης Στοάς θεώρησε ότι η προσπάθεια αυτή, θα ήταν βραχύβια και αποτυχημένη, ενώ προσπαθούσε παραλλήλως να αναβιώσει τις Στοές οι οποίες απεσχίσθησαν, και να συκοφαντήσει τους Αδ. που συμμετείχαν στην ΕΜΣτΕ. 
Όμως, η Εθνική Μεγάλη Στοά της Ελλάδος ήταν πλέον μια πραγματικότητα και για πρώτη φορά ένα Ελληνικό Τεκτονικό Σώμα του Συμβολικού Τεκτονισμού ιδρύθηκε συμφώνως προς τις αρχαίες και αποδεκτές πρακτικές της Συντεχνίας, τηρώντας τα Αρχαία Οροθέσια και έχοντας Κανονική καταγωγή. 
Οι ιδρυτικές Στοές συμπληρώθηκαν με Αδελφούς - μέλη οι οποίοι μεμονωμένα απεχώρησαν από την Μεγάλη Στοά και βοήθησαν στην ίδρυση νέων Στοών υπό την σκέπην της Εθνικής Μεγάλης Στοάς της Ελλάδος, ώστε μέσα σε 2 χρόνια (1988) να λειτουργούν ανά την Ελλάδα 28 Στοές υπό την ΕΜΣτΕ ! 

Η ΕΜΣτΕ επέλεξε να ακολουθεί κατά τις Εργασίες της το “Τυπικόν της Αμίλλης” (Emulation Ritual). Όσον αφορά δε τους Κανόνες για την διακυβέρνησή της στηρίχθηκε στην από αιώνων εμπειρία των Άγγλων Αδελφών με την μετάφραση των Γενικών Κανονισμών της Συντεχνίας της Ηνωμένης Μεγάλης Στοάς της Αγγλίας. Αναφορικά με την Τάξη της Βασιλικής Αψίδος, αυτή διοικείται από το Μέγα Περιστύλιο των Τεκτόνων της Βασιλικής Αψίδος της Ελλάδος, καθώς η Μεγάλη Συνέλευση του Υπάτου Μεγάλου Περιστυλίου του Τύπου της Υόρκης απέδωσε την Τάξη στην Συντεχνία, ενώ τα Πέραν της Συντεχνίας Σώματα λειτουργούν πλέον ως ανεξάρτητα Σώματα από την Εθνική Μεγάλη Στοά, έχοντας δικούς Κανόνες, ανεξάρτητη και διακεκριμένη διοίκηση, αλλά και δομή. Συγκεκριμένα είναι: η Μεγάλη Στοά των Διδασκάλων Τεκτόνων του Σήματος, το Μέγα Συμβούλιο των Βασιλικών και Εκλεκτών Διδασκάλων, το Μέγα Σκήνωμα των Ιπποτών του Ναού και το Μέγα Συγκάθεδρον του Τάγματος του Ερυθρού Σταυρού του Κωνσταντίνου. 

Μια Μεγάλη Στοά θεωρείται Κανονική όταν εργάζεται σύμφωνα με τις αρχαίες και αποδεκτές πρακτικές και τηρεί τα Αρχαία Καθήκοντα και Οροθέσια. Και η ΕΜΣτΕ, όπως προαναφέρθηκε, τηρούσε ευθύς από την δημιουργία της τα στοιχεία της Κανονικότητος. Άλλωστε, ουδέποτε υπήρξε η παραμικρή αμφιβολία για την κανονικότητα της ΕΜΣτΕ από οιονδήποτε, με εξαίρεση την Μεγάλη Στοά της Ελλάδος. Δεδομένου όμως ότι στον Τεκτονισμό δεν υπάρχει κάποιο διεθνές Διευθυντήριο το οποίο να επιβάλλη την αναγνώριση μιάς Κανονικής Μεγάλης Στοάς, είναι γνωστό πως οι διεθνείς σχέσεις ρυθμίζονται με διμερείς συμφωνίες. 

Καθώς λοιπόν η ΕΜΣτΕ ήταν η μοναδική τεκτονική δύναμη στην Ελλάδα, η οποία συνεμορφούτο αυστηρώς προς όλες τις απαιτήσεις Κανονικότητος, το 1993, η Ηνωμένη Μεγάλη Στοά της Αγγλίας απεφάσισε να αποσύρει την αναγνώρισή της από την Μεγάλη Στοά της Ελλάδος και να αναγνωρίσει την ΕΜΣτΕ. Ακολούθησαν σύντομα οι Μεγάλες Στοές της Σκωτίας, της Ιρλανδίας, της Νοτίου Αφρικής, της Εθνικής Μεγάλης Στοάς της Γαλλίας, της Κανονικής Μεγάλης Στοάς της Ιταλίας και πολλές άλλες. 

Το 1999, για εσωτερικούς λόγους που αφορούν αποκλειστικώς την Ηνωμένη Μεγάλη Στοά της Αγγλίας, η ΗΜΣτΑ ανέστρεψε την προηγούμενη απόφασή της, παρ’ ότι δεχόταν και δέχεται ότι η ΕΜΣτΕ είναι μια Κανονική Μεγάλη Στοά. Είναι ένα γεγονός χωρίς προηγούμενο στην ιστορία του Τεκτονισμού, και ίσως γι’ αυτό άλλες τεκτονικές δυνάμεις όπως οι Μεγάλες Στοές της Σκωτίας και της Ιρλανδίας δεν ακολούθησαν την απόφαση της ΗΜΣτΑ. 
Σε κάθε περίπτωση όμως, όλα αυτά ιστορικά γεγονότα ουδόλως επηρέασαν το πνευματικό, εσωτερικό, μυητικό, αλλά και φιλοσοφικό, έργο της ΕΜΣτΕ το οποίο έχει απόλυτη προτεραιότητα στους κόλπους της. 

Ως ο πρώτος Μέγας Διδάσκαλος της Εθνικής Μεγάλης Στοάς της Ελλάδος εξελέγη, το 1986, ο Σεβτ. Αδ. Στέφανος Παϊπέτης, καθηγητής της Φυσικής στο Πανεπιστήμιο Πατρών. 
Τον διεδέχθησαν κατά σειρά:

O Σεβτ. Αδ. Ευστάθιος Λιακόπουλος (1988 - 1991),  δικηγόρος, 
O αείμνηστος Σεβτ. Αδ. Γεώργιος Βασιλείου - (1991 - 1993), οφθαλμίατρος χειρουργός, 
O Σεβτ. Αδ. Δρ Λεωνίδας Λογοθέτης (1993 - 1995), πολιτικός μηχανικός, 
O Σεβτ. Αδ. Ορφεύς-Γεώργιος Μάνος (1995 - 1997), πολιτικός μηχανικός, 
O Σεβτ. Αδ. Παύλος Κυριακόγγονας (1997 - 1999), μηχανολόγος μηχανικός, 
O Σεβτ. Αδ. Γεώργιος Καμινάρης (1999 - 2004), μηχανολόγος μηχανικός, 
O Σεβτ. Αδ. Ερμής Ιωαννίδης (2004 - 2006), μηχανολόγος μηχανικός,  
O Σεβτ. Αδ. Δημήτριος Κοντέσης (2006-2010), οικονομολόγος,  
O Σεβτ. Αδ. Δημήτρης Μάμας (2010-2011), πολιτικός μηχανικός, και

Ο Σεβτ. Αδ. Ιουστινιανός Κορβέσης, ηλεκτρολόγος μηχανικός εγκατεστάθη την 8η Οκτωβρίου 2011 

Η ιστορία της ΕΜΣτΕ είναι σύντομη βεβαίως και ασφαλώς όχι χωρίς αναταράξεις. Και η αναγκαιότητα της δημιουργίας της Εθνικής Μεγάλης Στοάς της Ελλάδος έχει πλέον μετασχηματιστεί σε αναγκαιότητα για την διατήρηση της ευημερίας της !